Организация учебного процесса легла на плечи деканов и заведующих кафедрами, которые стремились в максимальной степени подчинить его задачам военного времени и обороны страны. Деканами факультетов в годы войны были: историко-филологического - доц. В. Г. Базанов, физико-математического - доц. А. А. Райкерус, геолого-гидрогеографического - доц. А. Н. Малявкин, биологического - доц. М. Я. Марвин (с 1945 г.- доц. М. А. Тойкка). Проректором по учебной и научной работе в 1943 г. был назначен проф. В. С. Слодкевич. Преподаватели университета оказывали помощь Коми пединституту, читая лекции для его студентов. В свою очередь, ряд преподавателей педагогического института работали в университете: проф. К. С. Сивков (история СССР), доценты М. Ф. Шишкевич (литература), И. А. Василенко (фольклор), С. А. Шамахов (русский язык), преподаватель Н. С. Забавников (основы марксизма-ленинизма). Работали совместные кафедры двух вузов. К чтению отдельных курсов привлекались ученые научных учреждений, в их числе профессора геологи П. В. Виттенбург и И. А. Преображенский.
Наиболее трудным был первый год войны. Учебные занятия начались 1 ноября 1941 г. Но не все студенты смогли прибыть в Сыктывкар. В связи с мобилизацией на фронт на геолого-гидрогеографический факультет пришлось объявить дополнительный прием, в ноябре на первый курс было зачислено 30 человек.
К концу первого семестра 1941/42 учебного года в университете обучалось всего 79 студентов: на историко-филологическом факультете - 25, физико-математическом - 11, биологическом - 12, геолого-гидрогеографическом - 31. Из-за малочисленности групп многие студенты занимались по индивидуальному плану. Ряд студентов посещал лекции на потоках в Коми педагогическом институте. Ощущалась острая нехватка самого необходимого: оборудования, учебников и научной литературы, бумаги. Студенты стойко переносили бытовые лишения, недоедание.
В условиях войны срок обучения был сокращен на год, продолжительность учебных занятий доведена до 7 - 8 часов в день. Вводился ряд новых дисциплин в соответствии с требованиями войны. Отменялись зимние каникулы и вступительные экзамены.
В числе важнейших задач было повышение идейно-теоретической подготовки студентов, воспитание у молодежи высоких моральных качеств, чувства долга и ответственности за судьбу Родины, патриотизма и интернационализма. Студенты занимались в стрелковых кружках, на курсах медицинских сестер, в группах всевобуча.
Несмотря на то, что многие студенты были физически истощены из-за постоянного недоедания и недосыпания, не имели помощи из дома и жили на стипендию и студенческий паек (400 граммов хлеба), они учились на "хорошо" и "отлично". Перегрузки тех лет не сломили молодежь. Она трудилась с предельным напряжением сил, ответственно и самоотверженно.
