Это время занимает особое место в жизни университета. Уже в первые дни войны студенты, преподаватели, рабочие и служащие университета единодушно заявляли о своей готовности отдать все силы для победы над врагом. 28 июня состоялся общеуниверситетский митинг, в резолюции которого говорилось: "Мы готовы отдать все свои силы и жизнь нашей Родине!". В эти дни уходили на формирование красноармейских частей и истребительных батальонов первые группы студентов, преподавателей, сотрудников. В их числе были ректор университета Т. И. Лехен, ставший редакторам фронтовой газеты "Голос солдата"; декан историко-филологического факультета М. Г. Никулин, направленный в политотдел 71-й стрелковой дивизии, а затем в политуправление Карельского фронта; заведующий кафедрой марксизма-ленинизма Я. П. Голенченко, ставший секретарем партийной комиссии 7-й армии. На ответственную работу в армейские политорганы были направлены преподаватели и сотрудники: Д. А. Бойцов, Е. С. Гардин, А. И. Жидких, В. А. Журавлев, Т. Я. Зайков, Т. К. Нуутинен, П. И. Трофимов, Д. Е. Червяков, политруками подразделений стали студенты Павел Голосов, Семен Карпов, Семен Криворучко, Матвей Кислов, Федор Цверхман, Иван Шилин. Секретарем Олонецкого РК комсомола во вражеском тылу работала студентка университета из деревни Колатсельга Татьяна Ананина. Доц. В. А. Михайлов, будучи призванным в армию, руководил проведением минно-взрывных работ в Карелии и Заполярье, в 1943 г. стал заведующим кафедрой военно-воздушной академии им. Н. Е. Жуковского, а после войны преподавал в группе подготовки космонавтов. О нем тепло отзывался первый советский космонавт Ю. А. Гагарин.
Всего за годы войны в Красную Армию ушло 328 студентов, преподавателей и сотрудников университета, что составляло более трети их общей численности. 70 человек записались добровольцами в первую неделю войны и вместе с ними - почти весь состав партийной организации. Более 30 студенток работали в госпиталях, воевали в армейских подразделениях и партизанских отрядах.
Преподаватели и студенты университета боролись с врагом не только с оружием в руках. Сотни студентов строили летом и осенью1941 г. оборонительные сооружения под Пряжей и Петрозаводском. В цехах Онежского завода трудилось до 60 студенток, образцы трудового героизма показывали комсомолки У. Конкка, В. Олыкайнен, А. Поттоева, М. Семенова.
Учебная и научная работа в университете сочеталась с насыщенной общественно-политической деятельностью его сотрудников. Прежде всего, это была непосредственная материальная помощь фронту в виде пожертвований и денежных взносов. Кроме того, преподаватели и студенты участвовали в погрузке и выгрузке дров, в сплаве и выкатке древесины, в уборке урожая, работали на промышленных предприятиях, шефствовали над госпиталями, оказывали помощь семьям фронтовиков, являлись донорами. Они подписывались на государственные займы, собирали теплые вещи для бойцов Красной Армии, посылали на фронт подарки и письма.
В отчете ректората за военный период отмечалось: "Кроме учебной и научной работы, как сотрудники университета, так и студенты принимали активное участие в самых различных работах, необходимых республике Коми, - в сплаве древесины, на лесозаводе, раскорчевке леса под пастбища. Труд многих студентов, служащих, преподавателей университета отмечен Грамотами Верховного Совета КомиАССР". В числе награжденных были преподаватели И. И. Кяйвяряйнен и М. А. Тойкка, студенты М. Миронова, Н. Митропольская, И. Мякеле, И. Ренквист, М. Русанова, В. Суханова, П. Якконен.
Деятельность университета в годы Великой Отечественной войны является одной из славных страниц в его истории, Студенты, преподаватели и сотрудники университета сражались на всех фронтах Отечественной войны. Они защищали Карелию, Москву, Ленинград и Волгоград, освобождали Украину, Прибалтику и Белоруссию, громили врага на территории Польши, Румынии, Венгрии, Болгарии, Чехословакии, штурмовали Берлин.
Не всем, ушедшим на поля сражений с гитлеровскими захватчиками, удалось дожить до славной победы. В ходе Отечественной войны, в основном в ее начальный период, погибло 92 студента, преподавателя и сотрудника. Судьба более 60 студентов-фронтовиков еще не выяснена.
