В августе 1941 г., когда фронт приблизился к Петрозаводску, и над ним нависла непосредственная угроза, было принято решение об эвакуации университета. Исполнение обязанностей ректора возлагалось на К. Л. Митропольского. Студенты вместе с преподавателями упаковывали и грузили в вагоны и на баржу ценное оборудование, приборы, учебники. В результате значительная часть университетского имущества, в том числе книги, экспонаты геологического музея, научное оборудование, удалось своевременно вывезти из Петрозаводска. 28 августа преподаватели и служащие с семьями, студенты покинули родной город и выехали по железной дороге через Беломорск и Обозерскую в Вологду, а затем - в Сыктывкар. На следующий день груженая оборудованием и литературой баржа в сопровождении 12 преподавателей и 7 студентов во главе с К. Д. Митропольским и В. С. Слодкевичем отправилась в Вытегру. После перегрузки в Вытегре на более мелкие баржи караван следовал по Мариинской системе и Волге до Ярославля. При содействии Ярославского облисполкома имущество университета было отправлено по железной дороге до г. Котласа, а оттуда на пароходе по реке Вычегде - в Сыктывкар. Этот путь продолжался 42 дня. Руководство и трудящиеся Коми республики тепло, по-братски, приняли университет и в трудное военное время создали необходимые условия для продолжения его работы. В распоряжение университета была предоставлена учебно-материальная база Коми педагогического института. Существуя самостоятельно, эти два вуза работали нормально, взаимно используя преподавательские кадры и имеющееся оборудование.
Война поставила перед коллективом университета сложные задачи. Его усилия были направлены на то, чтобы внести достойный вклад в борьбу с фашистскими захватчиками, обеспечить подготовку и воспитание специалистов в духе требований времени.
